Sa 34 zabilježene vrste Hrvatska se bogatstvom i raznolikošću faune šišmiša svrstava u sam europski vrh. Povrh toga, Dubrovačko-neretvanska županija domaćin je 10 vrsta šišmiša, a Vištičina jama kod Opuzena je i dalje dom najveće hibernacijske kolonije šišmiša u Hrvatskoj (oko 49 000 jedinki), što je ujedno i najveća specifičnost Županije. Na teritoriju Republike Hrvatske sve su vrste šišmiša strogo zaštićene Zakonom o zaštiti prirode (Narodne novine broj 80/13, 15/18 i 14/19), odnosno Pravilnikom o strogo zaštićenim vrstama (Narodne novine broj 144/13 i 73/16).
Šišmiši su rasprostranjeni gotovo posvuda, a tijekom života nastanjuju različite tipove staništa. Najčešće su to listopadne šume koje obiluju hranom (kukcima) te mnoštvom prirodnih skrovišta (duplje, šupljine ispod kore i sl.), ali i livade, rijeke i jezera. Kao zimska skloništa najčešće im služe špilje, jame, pukotine stijena i napušteni rudnici. Zbog gubitka prirodnih zaklona, urbanizacijom, devastacijom i zagađenjem prirodnih staništa, posebice špilja, neke vrste šišmiša danas borave u kućama (tavani, podrumi i druga mjesta koja mogu simulirati špiljski okoliš).
Javna ustanova za upravljanje zaštićenim dijelovima prirode Dubrovačko-neretvanske županije, u suradnji s tvrtkom Geonatura d.o.o., provela je istraživanje i monitoring kolonija šišmiša u podzemnim i nadzemnim skloništima na području Dubrovačko-neretvanske županije. Terenska istraživanja provedena su 2018 i 2019. godine u razdobljima hibernacije (siječanj), proljetnih migracija (travanj), formiranja porodiljnih kolonija (lipanj) i jesenskih migracija (rujan). Cilj projekta bio je utvrditi trenutačno stanje pojedinih skloništa šišmiša i okolnog staništa te status i brojnost prisutnih vrsta.
Tijekom istraživanja pregledano je deset lokaliteta, od koji se sedam nalazi unutar nekog od područja ekološke mreže Natura 2000. Istraživanja su rezultirala otkrićem prisutnosti ukupno deset vrsta šišmiša na području naše Županije, a to su dugokrili pršnjak (Miniopterus schreibersii), oštrouhi šišmiš (Myotis blythii), dugonogi šišmiš (Myotis capaccinii), riđi šišmiš (Myotis emarginatus), resasti šišmiš (Myotis nattereri), kolombatovićev dugoušan (Plecotus kolombatovici), sredozemni potkovnjak (Rhinolophus blasii), mediteranski potkovasti šišmiš (Rhinolophus euryale), veliki potkovnjak (Rhinolophus ferrumequinum) i mali potkovnjak (Rhinolophus hipposideros). Od ukupno deset zabilježenih prisutnih vrsta, osam vrsta šišmiša iz naše županije nalazi se na Popisu biljnih i životinjskih vrsta od značaja za Europsku uniju koji zahtijevaju zaštitu.
Kolonije šišmiša u špiljama najveće su koncentracije sisavaca na Zemlji (neke kolonije šišmiša u Americi imaju i preko 20 milijuna jedinki). Oko 70% šišmiša u svijetu jede insekte. Jedan šišmiš može pojesti više od 1000 insekata u jednom satu. U tropskim krajevima ima vrsta koje se hrane voćem, neke vrste mogu hvatati male životinje poput riba, žaba, ptica ili miševa, a u Latinskoj Americi žive i šišmiši koji se hrane krvlju životinja.
Šišmiši su životinje koje se ne smiju uznemiravati i treba im omogućiti život u njihovom prirodnom okolišu. Sve su vrste vrlo nježne i nikada neće napasti čovjeka. Trebamo ih čuvati i paziti na njihov opstanak jer se smanjenjem njihovog broja, među ostalim, povećava potreba za kemijskim pesticidima koji ugrožavaju cijeli ekosustav. U nekim zemljama smatra se da donose sreću ako uđu u kuću pa je to dodatan razlog da se na takav događaj gleda u pozitivnom smislu.