Tijekom speleoloških istraživanja, koje provode Javna ustanova za upravljanje zaštićenim dijelovima prirode Dubrovačko-neretvanske županije u suradnji s Hrvatskim biospeleološkim društvom, otkriven je još jedan arheološki lokalitet unutar špilje na poluotoku Pelješcu. U suradnji s arheologom, gosp. Domagojem Perkićem, iz Arheološkog muzeja Dubrovačkih muzeja prikupljeni su uzorci površinskih arheoloških nalaza iz Tomaseve špilje u Dubi Pelješkoj. Mjesto nalaza označeno je na nacrtnoj dokumentaciji špilje, nakon čega su isti izvađeni i predani u Arheološki muzej.
Riječ je o ulomcima keramičkih posuda iz srednjeg brončanog doba, trbuha antičkih amfora te ulomcima tegula, odnosno dijelova antičkog krovnog crijepa. Takvi nalazi nam svjedoče o vrlo ranom korištenju špilja, vjerojatno kao povremenog staništa ili skloništa u ranijim razdobljima. Pri tome treba imati na umu da su to površinski nalazi, preostali od zadnjih upotreba špilje, a za očekivati je u dubljim slojevima još starije nalaze. Takva pretpostavka može se potvrditi jedino arheološkim istraživanjima, koja ova špilja zasigurno zaslužuje.
Što se tiče ulomaka ručki i drugih dijelova posuda iz srednjeg brončanog doba (1900. – 1300. g. pr. Kr.), prema iskustvu iz drugih speleoarheoloških lokaliteta, možemo pretpostaviti relativno češće korištenje špilje od strane prapovijesnih zajednica koje su naseljavale današnje područje Pelješca. Tome u prilog idu i nalazi iz drugih špilja koje su arheološki istraživane, prije svega Spile u Nakovani i Gudnje iznad Česvinice kod Stona.
Ulomci antičkih amfora, okvirno iz 2. – 1. st. pr. Kr., vjerojatno nisu posljedica korištenja špilje od strane romaniziranog stanovništva, nego su plod kontakata i trgovine domaćeg, ilirskog stanovništva s naprednijom rimskom civilizacijom. Slično se može pretpostaviti i za ulomke tegula koje su izvorno korištene kao rimski krovni crijep ili kasnije kao konstruktivni element kasnoantičkih grobova. Logično, one ovdje sigurno nisu u svojoj primarnoj krovnoj ili grobnoj funkciji, nego nama još uvijek nepoznatoj svrsi.
Potrebno je istaknuti da je ovo samo nastavak višegodišnje suradnje speleologa i arheologa na dubrovačkom području, u što je aktivno uključena i Javna ustanova za upravljanje zaštićenim dijelovima prirode Dubrovačko-neretvanske županije. Posebno se zahvaljujemo Alenu Kirinu i Branku Jalžiću, koji su nalaze prikupili, označili i predali u nadležni muzej.